客户谈 | RIKEN:MGISEQ-2000,满足我们多种研究需求
2018年10月25日ICG-13期间,华大智造举办了同期卫星会——基因组学技术与应用研讨会 (TACG)。在会议上,日本RIKEN综合医学科学中心 YasushiOkazaki博士与Ken Yagi博士发表了RIKEN基于华大智造高通量基因测序仪MGISEQ-2000进行的多项研究项目的演讲。
RIKEN是日本领先的国家研究机构之一,于1998年成立了基因组学中心,并为人类基因组计划做出了贡献。目前,RIKEN通过NGS技术进行基因组学研究和转录组研究,并且其研究成果在业内得到高度认可。
2018年初,RIKEN安装了首台MGISEQ-2000基因测序仪。Okazaki博士介绍说,RIKEN一直在运用MGISEQ-2000进行哺乳动物基因组功能解析(FANTOM)、人类细胞图谱(Human Cell Atlas)等国际研究项目。FANTOM项目成立之初,是为了对收集到的全长cDNAs 进行解析。此后,FANTOM不断发展和扩展,目前已涵盖转录组分析领域。人类细胞图谱项目的目标是创建全面的人类细胞参考图谱,作为了解人类健康、疾病诊断、监测和治疗的基础。
在FANTOM项目中,RIKEN基于MGISEQ-2000和Cap Analysis of Gene Expression(CAGE),对转录起始位点进行综合分析。在人类细胞图谱项目中,MGISEQ-2000也被应用于单细胞分析,并与RamDA-seq技术相结合,实现了世界上第一次完整的RNA测序。
Yagi博士在演讲中,也向大家展示了两组人类肝癌组织和正常组织的WGS数据,它们分别来自于MGISEQ-2000和Hiseq-2500,并进行了SNVs和INDELs数据分析,结果表明MGISEQ-2000的数据具有可比性和有效性。
“MGISEQ-2000是一款高精度和低使用成本的基因测序仪,RIKEN的研究项目将继续使用MGISEQ-2000。” Okazaki博士说。
关于RIKEN
RIkagaku KENkyusho/Institute of Physical and Chemical Research是日本资本主义之父涩泽荣一于1917年设立, 现在是日本政府唯一综合性自然科学研究机构。其研究领域包括物理、化学、生物学、工学、 医学、生命科学、材料科学、信息科学等,从基础研究到应用开发十分广泛。自20世纪80年代起,RIKEN和包括中科院在内的中国科研机构有着广泛的科研合作。
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